CLさんの日記で知りましたが

http://support.adobe.co.jp/faq/faq/qadoc.sv?233179+002+3
むむむ。これは厳しい（ーー；
以前のバージョンのファイルをCS3で改訂するとき、リンクのaiまたはpdfを変更した場合はリンクの更新ではなく新たに貼り替えた方が確実、と。
そんなアホな……（＾＾；